万方查重是国内较早推出的一款查重工具，其覆盖的文献资源较为丰富，可以有效检测文本的原创性。但是万方查重对于外文文献的查重效果相对较弱，可能存在漏查情况。而知网查重则相对更加全面，能够有效检测中英文文献，具有较高的准确性和全面性。因此，如果您的硕士论文包含大量外文文献，建议选择知网查重工具。

然而，万方查重的优势在于其对国内文献资源的覆盖更广，对于部分特定领域的文献查重效果可能更好。此外，万方查重的界面操作相对更加简单易用，适合对查重工具不熟悉的用户。因此，如果您的硕士论文主要以国内文献为主，或者您更注重操作的便捷性，也可以考虑选择万方查重工具。