硕士论文在万方数据库查重时，主要参考的标准包括文本重复率、引用重复率、图片重复率等。其中，文本重复率是最为重要的指标，一般要求不超过15%。引用重复率则要求严格控制在5%以内，超过部分应进行合理注释。此外，图片重复率也应尽量降低，避免直接复制粘贴他人作品。总体而言，硕士论文在万方查重时，要求内容原创度高，且符合学术规范。

除了文本重复率、引用重复率、图片重复率等基本标准外，硕士论文在万方查重还需要注意避免与已有文献重复率过高。因此，在写作过程中，学生应当注重文献综述的独立性和创新性，避免过多引用他人观点而缺乏自身独立见解。此外，对于图片、表格等非文字内容的引用，也应当注明出处并符合学术规范。只有在确保硕士论文内容原创且符合规范的前提下，才能通过万方查重标准，保证论文的学术质量和合法性。